もともと同じ水準の運賃であるところを、JRが値引き運賃を設定したため、名鉄が割をくらって割高になっているということです。
JRの名古屋から岐阜の間には特定区間の割引運賃が設定されています。
これは、国鉄時代の度重なる値上げの結果、本来の幹線運賃表を適用すると、並行する私鉄に比べて割高な運賃になってしまうために、利用者が私鉄に流れてしまわないように「区間を限定した特別な運賃」を設定して対抗したのです。
JR名古屋~岐阜 30.3㎞ 480円 ⇒本来は600円(バリアフリー10円含)
名鉄名古屋~名鉄岐阜 31.8㎞ 630円(2024年値上げ前は570円)
名鉄が運賃を値上げし、JRはそのまま特定運賃を維持したため、このような結果になっています。名鉄とJRでは収益の基盤が異なりますし、クルマ社会の名古屋圏で、JRで言う在来線だけで鉄道を維持していかないといけない名鉄の方が厳しい経営環境にあり、JRのような特別運賃にしていない、ということです。
グループ全体で鉄道を支えるのが私鉄経営で、競争力を失わない程度の運賃表としている、ということでしょう。