残念ながら、AviUtl2で直接.aupを読み込むことはできないです。.aup2のみですね。
代替策として、Aviutlでオブジェクトファイル(.exo)としてタイムライン上のすべてのオブジェクトを.exoで保存し、Aviutl2の左下のシーンオブジェクトエリアにドラッグ＆ドロップすると読み込まれます。
ただし、RootやSceneごとに.exoとして保存する必要があるので、保存名を
・「Root上のオブジェクト」→ ○○プロジェクト(R).exo
・「Scene1上のオブジェクト」 → ○○プロジェクト(Sc1).exo
という風に、どこのタイムライン上のオブジェクトなのかをわかりやすくして保存しておくと、迷うことなくAvitul2でも取り込めるようになります。
ただし、Aviutlで動作していたプラグインやスクリプトなどとAviutl2とでは違いが大きいので、.exoを取り込んだ際に何かしらの不具合が生じる可能性が高く、公式でもそのようにアナウンスされているので、その点はご了承くださり、何かしらのエラーが出た際には再度ご質問されることを検討ください。
