文字化けは文字コードが原因です。
ブラウザによってデフォルトの文字コードが設定されており、ブラウザはUTF-8を前提としていることが多い為、必然的にHTML,CSS,JSなどはUTF-8が殆どです。
しかしVBAのOpenステートメントでは標準がShift-JISの為、mhtファイルを特に指定なしに読み込むと、文字化けを起こしている状況かと思います。FSOやADODBで UTF-8を指定して読み込んで見てください。
Excel/vba/file/file10.htm">http://officetanaka.net/Excel/vba/file/file10.htm
個人的には、そもそも「セルの内容だけを吐き出しており」「後からVBAで操作する前提」なのであればcsvやxlsxで保存した方が適切かとは思います。