製造原価報告書では、製造間接費の不利差異をマイナスにするのはなぜですか？不利差異、ということは余計に原価がかかったのでプラスにはならないのですか？

予定価格(予定配賦額)を採用している場合には製造原価は予定価格で計算された金額になります。

それゆえに製造原価報告書の一番下に記載される当期(当月)製品製造原価の金額も予定価格で計算された金額となる点に注意です。

製造原価の増加を意味する不利差異は、損益計算書の売上原価の区分において、売上原価に賦課(=不利差異は加算、有利差異は減算)します。