完全代替するためには、田舎の小駅に至るまでカードリーダーライターを設置するか、全部の車両に車載タイプを搭載するかしないといけません。しかしIC乗車券関連の設備は大変高額で、運営費もバカになりません。地方私鉄や規模が小さな公営交通ではシステムからの離脱が課題になりつつあります。
またそもそもICカードシステムは短距離券向きであり、新幹線でまる１日かかるような長距離に適応させるためにはまだまだ解決しなければならない事が山積みです。
おそらく今後も紙のきっぷが完全になくなる事はないと思いますよ。仮になくなるとしたら、客（とくに長距離の）はかなり不便を強要される事になると思います。
