プリウス60系のパノラマルーフ（ガラスルーフ）をご検討中とのこと、デザインがかっこいいだけに悩みどころですね。
結論から申し上げますと、数値的には約2.5cm〜3cm程度低くなります。
ただ、プリウス60系はもともとルーフが低い車ですので、この「数センチ」が体感的に与える影響はかなり大きいです。
ご友人の悩み解消のために、具体的な数値、メリット・デメリット、オーナーの声をまとめました。
1. 具体的に何cm低くなるのか？
トヨタの公式諸元や実車計測データによると、以下のようになります。
鉄板ルーフ（標準）の室内高： 約1,130mm
パノラマルーフ装着車の室内高： 約1,105mm
差：マイナス 約25mm（2.5cm）
【重要な注意点】
数字以上に狭く感じる原因があります。それは「サンシェード（日除け）の格納部分やレール」です。
頭の真上のガラス部分は比較的クリアランスがあっても、窓枠のフチ（頭の左右やこめかみ付近）が盛り上がっているため、座高が高い方や座席を高く設定する方だと、髪の毛が天井に触れたり、カーブで頭をぶつけたりする可能性があります。
2. オーナーたちの「付けない方が良い」という意見（デメリット）
なぜ「付けない方が良い」と言われることが多いのか、主な理由は以下の4点です。
物理的な頭上の狭さ（圧迫感）
60系プリウスはAピラー（フロントガラスの柱）がかなり寝ているため、乗り込む際に頭を下げて入る必要があります。中に入っても天井が低いのが特徴です。
身長175cm以上の方がパノラマルーフ車に乗ると、シートを一番下に下げても「拳ひとつ入らない」「髪が触れる」という声が多いです。
開閉できない（固定式）
60系のパノラマルーフは「はめ殺し」です。ガラスは開きません。換気ができないため、「開かないなら重くなるだけ」と考える人がいます。
手動のサンシェード
日除けのシェードが電動ではなく手動です。しかも前後で2分割されています。運転席から後席のシェードを開け閉めするのは困難です。
暑さと寒さ
近年のガラスは性能が良いですが、やはり鉄板に比べると夏場のジリジリ感や、冬場の冷気（コールドドラフト）を感じやすいです。
3. それでも「付けた方が良い」という意見（メリット）
逆に、付けて満足しているオーナーの意見は以下の通りです。主に「見た目」と「開放感」です。
エクステリア（外観）が抜群にかっこいい
これが最大の理由です。白いボディカラーなどを選んだ場合、ルーフが黒くなる（ブラックアウトされる）ことで、車体全体がより低く、スポーティに見えます。ツートンカラーのような高級感が出ます。
視覚的な開放感（シェードを開けた時）
物理的な高さは低くなりますが、シェードを開けると空が見えるため、「視覚的な閉塞感」は解消されます。特に後部座席に乗る人にとっては、空が見えることで狭さを感じにくくなる効果があります。
リセールバリュー（売却価格）
一般的にサンルーフ・ガラスルーフ付きの車両は、中古車市場でプラス査定になりやすいです。オプション代金の元が取れるとまでは言えませんが、有利には働きます。
4. ご友人へのアドバイス
ご友人が購入を迷われている場合、以下の基準で判断することをお勧めします。
身長の確認：
ご友人の身長が175cm以上ある場合、または座高が高めの方であれば、パノラマルーフは避けたほうが無難かもしれません。一度、鉄板ルーフの試乗車に座り、そこから「指2本分天井が下がってくる」と想像してみてください。
用途の確認：
「自分一人で乗ることが多く、見た目重視！」ならアリです。
「家族や友人をよく乗せる、快適性重視」ならナシ（鉄板ルーフ）の方が不満は出にくいです。
まとめ
高さ： 鉄板より約2.5〜3cm低くなる。
結論：
スタイル最優先なら付ける価値あり（外観が引き締まる）。
居住性・実用性優先なら付けない方が快適（特に高身長の人）。
質問者様はすでに納車待ちとのこと、ご自身の選択がどちらであれ、60系プリウスは走りもスタイルも非常に評判の良い車ですので、納車を楽しみに待っていてくださいね。ご友人にも、この「約3cmの差」と「開かないガラス」という点を伝えてあげると、決断しやすくなるかと思います。
