片道だけキャンセルできますよ。
サイトやアプリのマイページからキャンセルしたら、その他のキャンセル連絡はしなくていいです。
キャンセル方法
https://travel.willer.co.jp/guide/cancel/bus.html
https://faq.willer.co.jp/s/article/1237
1予約で往復を予約している場合、行きと帰りのそれぞれの便に変更や取消のボタンがあるので、キャンセルしたい方の便の取消ボタンからキャンセル操作をしてください。
どっちをキャンセルするのかは慎重に確認してください。