私も復活コンサートは、かぐや(ヤチヨ)が分身で一人二役をやっていると思います。分体――かぐやから切り離したAI的存在であれば、ライブ中に涙は流さないかなと思いますし。
一方で『ray』のMV中挟まるシーンに関しては、私は個人的にアウトロ(歌詞を歌い切る)までは過去(かぐやの義体完成以前)、アウトロ以降がこれから(がくやの義体完成後)だと思っています。なので、問題のシーンはコラボが決まった後の打ち上げor打ち合わせのための集まりではないかと考えています。
歌詞の内容も過去を振り返っている風ですし、歌い終わるまでの間に過去を振り返って、歌い終わったら未来に繋がる今を見据えると考えればMVとしてしっくりくるような気が。
後、もう一つの理由として、例のシーンにはジュースが二人分しか映っておらず、ヤチヨの分はありません。現在ならあえてそんな風にするかなとも思いました。