休職期間は最長何年までかは会社が自由に就業規則に定めることができるのでしょうか？

法律上の義務ではありませんので、休職制度を設けるかどうか、設けるとすればどれくらいの期間、ということは就業規則によって自由に決めることができます。



ただし、就業規則は労働者の過半数代表（労働組合または投票等で選出された過半数以上の労働者を代表する者）の意見を聞かなければならず、労働者の合意がなければ、所轄の労働基準監督署から変えるよう求められることがありますので、完全に会社が勝手に決めていいわけではありません。