国際線でパスポートが必要なのは国際的にそうなっているのと、パスポート確認しないと他の国の人が好き勝手に入ってきたりそれを把握できなくなるからです。
国内線で不要なのは、新幹線や車の移動で身分証明は不要なように、現状身分証明が必要ないからです。いちいちそれを求めると時間がかかって東京大阪間なんて新幹線に負けてしまいますしね。つまり利便性が優先されています。
もう一つ、国内線では身分証明がパスポートほど簡単ではないからです。
今でこそマイナカードがあり、持っている人に対しては比較的簡単に身分確認ができます。
しかし以前は統一したカード類もなく、免許証は全員持っているわけではなく、健康保険証は発行団体によってバラバラでした。確認に時間をかけていたらさっと乗りたい仕事客やのんびり楽しみたい旅行客には不評だろうと思いますよ。
今でもマイナカードがあるとはいえ、全員が持っているわけではないですからね（資格証なんて廃止すればいいのですが）。厳格に運用しようと思えばやはり時間はかかります。
他の交通機関の運用との兼ね合いも考えて、飛行機の国内線も身分証明は不要なのだと思います。
