①初期設定だと一括でメルペイ残高から引き落とされるのでしょうか？
決済【確定】後に「定額払い（実質年率18.0％）」に設定しない限り、全て翌月1回払いです。
「メルペイのあと払い」の清算に「お支払い用銀行口座からの自動引落し」を設定していない場合は、勝手に清算されません。
❶お支払い用銀行口座からの自動引落し（手数料無料）
https://help.jp.mercari.com/guide/articles/743/
❷メルペイ残高を使って清算する（手数料無料）
https://help.jp.mercari.com/guide/articles/753/
❸コンビニ/ATM（手数料220～990円）
https://help.jp.mercari.com/guide/articles/589/
②①の場合、手数料はかからないでしょうか。
「翌月1回払い」は手数料なし。
「定額払い」は手数料（18.0％）が発生します。
https://help.jp.mercari.com/guide/articles/949/
③クレジットカードとほぼ同じ認識ですが、気をつけるべきことはありますか？
「あと払い利用枠内」でご利用頂く事が出来ます。
また、お伝えするまでもありませんが「使い過ぎ」にはご注意下さい。
【支払い時のよくあるエラー理由（バーチャルカード決済）】
https://help.jp.mercari.com/guide/articles/1056/
