ポケモンマスターズEXについて質問です。アランやショウタがいないのはなのはなぜですか？

アニメオリジナルのキャラだからです。
ポケマスで出すキャラクターはゲームを基にしているので、アニポケの準レギュラーのキャラであっても出ません。

一応サトシとロケット団の2人は実装されてますが、あくまでアニポケとのコラボという形であり、実装以降復刻や強化なども行われてません。
ストーリーもありましたが、基本的にポケマスの主人公やアニポケでは登場していなかった各ゲームの主人公が登場する程度で、他のトレーナーとの絡みはありませんでした。