上司の方も、感情的に怒るのはどうかと思います。
ただ、説教臭いことを言うようですが、クリアファイルは何の為・誰の為に使うのでしょうか?
自分だけの紙資料を持ち運ぶ・保管するだけなら、お好きにすれば良いと思います。
しかし渡す相手があり、その相手が仕事関係者なら、折れたりシワにならないようにする事は、ルールというよりも【配慮・デリカシー】の問題だと思います。
しかも相手が上司なら、尚のことです。
あなたに怒鳴り散らして注意するのは、上司に非があると思います。
だからといって上司に対して礼儀をわきまえない、生意気な態度を取ったり、仕事の結果報告をするのに、雑な対応をして良いわけではありません。
※そんな事はしてないのなら、忘れていただければ結構です。
逆にその怒りっぽい上司に「最近できるようになったな!」とうならせるようになれば、もうあなたは一人前に扱われる社員になれたという風に考えてみてはどうでしょうか。