なぜ、PayPayクレジットカードは3千円しか使用していないのに関わらず、残り使用可能額が100円未満なのでしょうか？

PayPayカードを複数持たれているのでは？

２枚でも枠は共用ですから

もう１枚で差額くらいの利用残高があるのではありませんか？