電子決済サービスって、会計ミスで返金が必要な場合、お店がPayPayに申請してから期間を置いて、その後返金される仕組みなんですよね？そしたら、すぐに戻ってくるわけでは無いんですよね。その場で確認ができないとなると、店の対応の実行の確認も現場でできないし、店に上手く言いくるめられたらネコババされるケースとかあると思うのですが、皆さん性善説で対応しているのでしょうか？それとも明確に履歴として個人が返金処理待ちだと確認出来る、のでしょうか？

PayPayではなく楽天ペイですが、購入商品を店に返品したらすぐに残高は戻ってきました。
サービス提供会社が違うだけで、決済や返金の仕組みは同じだと思います。

ですが即時返金対応店舗と非対応店舗はあるかもしれません。

バーコード決済ではなく、カード決済なら質問者さんの言うとおり、どこで使おうが返金は後日です。
実店舗ならカード利用を取り消したら、必ず取り消し伝票を渡されますので、店が取り消したことは客観的に確認できます。
ですがネットショッピングはそうはいかないです。これこそ質問者さんのおっしゃる性善説を信用するしかないのです。