お客様は神様ということは、数え方は一柱二柱となるのですかね？

面白い発想ですね。「お客様は神様です」は三波春夫さんの言葉として有名ですが、これは「お客様を神様のように大切に扱う」という比喩表現です。実際にお客様が神様になるわけではないので、数え方は通常通り「一人、二人」や「一名様、二名様」となります。神様の数え方である「一柱（ひとはしら）、二柱（ふたはしら）」は使いません。ただ、ユーモアとして使うのは面白いかもしれませんね。