iD含めたおサイフケータイは、
①物理的にFeliCaに対応するためのチップ
↓
➁FeliCaチップへの読み書き込みを担当するおサイフケータイアプリ
↓
③おサイフケータイアプリに指示を出し、カード類を登録するための各種アプリ
という層で構成されています。
iDアプリは③に該当するのですが、dカードの場合はカード番号次第でdカードアプリからでも登録出来るので、使えるなら好きな方を使えば良い、という事になります。
③でiDを登録出来るアプリは、この他にメルペイのiD決済を登録すためのメルカリアプリ、対応した各種クレジットカードのiD決済を登録するためのgoogle ウォレット、d払いタッチのiD決済を登録するd払いアプリなど、同じiD決済でも登録したいカードによって色々分かれています。