マイナポータルにログインして、その他のわたしの情報→福祉・介護→障害保健福祉のページで照会してみて、お持ちの障害者手帳に応じて「身体障害者手帳情報」「療育手帳情報」「精神障害者保健福祉手帳情報」の内容がちゃんと正しく登録されているか確認したほうがいいかもしれません。
たまに役所のミスで間違って登録されていたりするので。
逆にミライロID側の情報が間違ってて整合性がとれなくてエラーという可能性も考えられますが…。
ちなみに少なくともJR各社についてはミライロIDに登録してマイナポータルでの認証も行ったとしても原本を携帯する必要があると書かれていますね。