はい、善管注意義務違反となるでしょうね。
ご存知のとおり、取締役には「善管注意義務」(会社法330条、民法644条)があります。
取締役には、この善管注意義務義務によって他の取締役の執行についての監視義務が認められます。
よって、利益相反取引があることを知りながらそれを見逃す行為は、注意義務違反として任務懈怠(423条1項)となります。
また、会社Aが取締役会設置会社であれば、取締役には「取締役の職務の執行の監督」の義務がありますから、この義務(広い意味での善管注意義務の一部)に違反することになります。