FP3級の試験について例えばなんですが学科試験：FP協会で申込、受験、合格実技試験：金財で申込、受験、合格でも3級合格になるのですか？

なりますよ。

と言うか、学科試験は、協会でも金財でも同じ問題（共通試験）なので、どちらで申し込むか悩む必要はないです。協会の方が合格率が高いように見えますが、協会の問題が易しいとか採点が甘いとかではなく、金財で受ける人は職場から強制的に受験させられる人が多いため、やる気がなくて中途半端な勉強で受験→不合格の流れな人が多いだけです。