そういうのは、マニュアルから著しく逸脱しない限りは、最終的に人間の信頼度に帰属します。
店長はAと言ったけど、後から社員にBで良いよと言われたのであれば、社員の責任としてBに従う。
そこで店長はAと言っていましたが?と社員に確認はするものの、常識を逸脱した行為でない限りは社員の判断に逆らうことはしないと思います。
それともあえて店長のAの方法にしたいなら、私はこちらで教わりましたし、こちらの方が効率的で私はやりやすいですと言ってもいいと思います。
この件で店長に相談しても、これ自体はそれほど大きな問題にはならなくても、何かあった時に社員が手のひらを返す可能性があります。
ハラスメントを訴えることは簡単ですが、職場の柔軟性を失うことになりかねないので慎重に考えた方があなた様の為にはなる場合もある。