この質問は「理想的な条件下での比較」なので、現実とは異なることを前提に答えます。
理論的には「国民全員が有能な民主主義」の方が、長期的には栄える可能性が高いです。理由は複数あります。
一つ目は「持続性」です。民主主義は「トップの能力に依存しない」システムです。つまり、優秀なリーダーが去っても、システムが機能し続けます。一方、共産主義で超絶有能なトップがいても、その人物の死後や引退後、後継者がその水準に達しない場合、体制が機能不全に陥る可能性があります。実際、ソビエトはスターリン後、指導力が低下しました。
二つ目は「誤りの修正」です。民主主義では「国民全員が有能」なら「間違った政策は修正される」という自己修正機能が働きます。共産主義では「トップが誤った判断をしても、それを正す仕組みが弱い」傾向があります。権力が集中しているからです。
三つ目は「創造性と革新性」です。複数の有能な人間が関わる民主主義は「多様な意見」を生み出しやすく、それが社会の活力につながります。一方、トップ主導の体制は「効率的」に見えても「創造性が制限される」傾向があります。
ただし、現実世界では「国民全員が有能な民主主義」も「超絶有能なトップがいる共産主義」も存在しません。民主主義でも衆愚的判断が起きますし、共産主義でも有能なリーダーは稀です。つまり、理想と現実のギャップが、実際の成否を決めるということです。