元鉄道従事員です。
IC定期券での振り替え乗車は、京浜東北線が遅延したために京浜東北線の定期券で振り替え輸送を利用する場合は、京急線の乗車駅でIC定期券を改札にタッチせず、有人窓口の係員にIC定期券の券面を提示し、乗り換え改札機もタッチせず、降車駅も有人窓口でIC定期券の券面を提示して降車します。
自動改札機は利用者が通常の利用者か振り替え輸送を利用する利用者かは判りませんから、普通の利用者として処理します。
列車の運行阻害、遅延が発生し、その会社が周囲の他社に振り替え輸送を依頼した情報は、各社とも無線で列車乗務員、駅係員に周知されますが、旅客が持っているキップ、定期券が振り替え輸送対象券であるか否かの判定機能が無いので、自動改札機は普通の利用者としてしか処理できません。
また、振り替え輸送は利用者の自己判断で乗った他社路線が、振り替え輸送を依頼した路線ではなかった場合は、後から申し出ても振り替え輸送利用とは認められず、返金はされません。
そして、ご質問にある自己判断、自己責任で改札機をタッチして他社に乗車した場合は、自己責任で振り替え輸送を断ったものと見なされるので、後日申し出ても残念ですが返金はされせん。
