一番目（生まれた順）が女で二番目が男で三番目が女の場合の三番目は三女でしょうか？

性別ごとの順序でいくので、その場合は「次女」です。

（ただし、戸籍とかの書式では「二女」を使うこともある）



性別に関係なく生まれた順番に言うときは、第1子・第2子……となるので、ご質問の例は「第3子」になる。