一般的なところで、パック商品は旅行会社が決めた条件に合わせることができれば安く旅行できますが、利用者の都合に対し(しかも後から発生したような)、パック商品のほうから合わせに来てくれることはほぼ期待できません。
以下の公式サイトを読む限り、もともと申し込んだプランが、乗車する新幹線が限定されていなければ、後続の自由席に乗れる可能性はありますが、質問者さんが予約した内容が質問文から判断できないため、知恵袋回答者は答えることができません。
→日本旅行にご自身で確認することをオススメします。
https://help-nta.nta.co.jp/hc/ja/articles/9257562976527--JR%E3%82%BB%E3%83%83%E3%83%88%E3%83%97%E3%83%A9%E3%83%B3-%E6%8C%87%E5%AE%9A%E3%81%95%E3%82%8C%E3%81%9F%E5%88%97%E8%BB%8A%E3%81%AB%E4%B9%97%E3%82%8A%E9%81%85%E3%82%8C%E3%81%9F%E5%A0%B4%E5%90%88%E3%81%AF
