自分も赤シートで隠したいときはオレンジのペンを使っています。前までは赤ペンを使っていたのですが、うっすら透けて見えてしまっていたのでオレンジペンにしました。おそらく同じような理由でオレンジを使ってる人が多いと思いますよ。
そもそもオレンジのインクは赤色の光を反射する性質があり赤シートを重ねるとシートの赤色と同化してほぼ見えなくなります。赤ペンの場合は赤ペンが反射した赤色の光がシートを通過して目に入るため、赤色が二重になって文字が隠れずに見えてしまうという仕組みです。
長々と書きましたが結局は自分の好みだと思います！
