元鉄道従事員です。
EF60などが開発された時台は、国鉄は動労と国労が幅を利かせ、新型車両（電車や機関車）を出すとなると運転士、機関士、検修区員への訓練を要求しました。
当然EF60 0番台運用開始前に訓練を行っているのに、駆動方式変更が有った2次車から新形式をたてれば、国労や動労が騒ぐのは目に見えました。
だから、2次車扱いとして、労組とのトラブルを回避したのです。
EF64 0番台と1000番台、EF65 0番台、500番台と1000番台も新形式を立てるくらい違いがありますが、同じ理由で番台違いにとどめました。
