管理会社の者です。
①鍵交換費用の取り決めは管理会社によって違うので、どう判断されるかなのですが。
無断で合鍵を作成したこと自体に罰金は課すことは出来ないと思います。ただ、鍵の紛失は弁償の対象にはなります。おそらくですが、通常の鍵交換費用のみで済むのではないかと思われますが、無くしたマスターキーをメーカーで発注した場合の費用は請求されるかもですので、その場合は追加で5千円程度は請求されるかもしれませんね。
②その可能性は低いです。
そんなことする管理会社は異常と言っていいです。
ほぼ意味がないですし嫌がらせなためか、他の入居者への見せしめなのかというレベルですから。