鳴潮についての質問です。現在の潮汐任務は二章一幕なのですが、いきなり三章に入ってしまうとストーリーがわからなくなりますか？

2章12幕のストーリーに触れてるので、分からないといえばわかりません。
3章の中で過去の記憶振り返る場面があって、そこも2章をやってなければネタバレになり得るので、2章をやってからの方がいいです。
2章は全部面白いので、全てプレイするのがオススメです