現在の建築基準について（木造一戸建て）2000年以降の家については柱脚、柱頭への金物設置が義務化されたという認識で合っていますか？それ以外の接合部については金物の指定はないのでしょうか。（断面欠損など）かなり耐震性が強化されていると感じますが、それでも大きな地震には心許ないのでしょうか。ご教示いただければ幸いです。よろしくお願いします。

2000年以降、耐震金物の「適正化」されたと思います。

つまりなんでも金物が付いてれば耐震補強だ！っと言うのではなく、適材適所の金物が指定されたと思います。

あくまでも耐震に係る軸組等の構造体への指定だと思うので、断面欠損がが何を指すのか分かりませんが、例えば筋交い交差部の部位ならそれ用の金物とか補強方法が示されていると思います。

耐震性能にあまり影響ない部分は、コストが掛かるだけで無駄な場合もあるので指定されないと思います。

大きな地震に大丈夫かどうかは、言い出せばキリが無いので、コスパに沿った最大限効果の耐震性を有していると信じるしかないと思います。