上司からの作業指示書が殴り書きであなたには解読不可能の時にビジネスマナーとしてはどのように解決方法がありますか？

そもそも、上司との関係性（距離感）によりけりですが、基本私は、必要な事はちゃんと言うので「読めません」と再度指示願います。
それでイヤな顔されたとしても、わからないものはわからないのですから、スミマセンと頭下げるのみ。