ニキビ肌のため、ファンデーションに付いているパフを使う度に食器用洗剤で洗おうと思ったのですが大丈夫でしょうか...?

使うたびに洗って清潔にしておくのは良いことだと思います。
ファンデーション用のクレンジングジェルや洗剤がいいと思いますよ。
普通の固形石鹸でも大丈夫です。
やったことないけど、食器用でも問題ないと思います。
スポンジを清潔に保つのが、肌に一番です。