Trip comなどこういう所で買うほうが安いかもしれませんが、航空券は航空会社公式サイトで買いましょう。
公式以外の所はフライトがキャンセルになっても返金しないとかの仕様がスタンダードです。座席指定ができなかったり、できても公式サイトでするより倍くらい高かったり。あるいは預け入れ荷物が別料金（しかも高額）で、なんやかやで大手公式で買うほうが安かったり。
ホテルはそういうことが少ないので利用して大丈夫と思いますが、航空券は公式サイトで買うことをオススメします。
それと、航空券で3人一緒に予約すると、キャンセル自体は可能なチケットでも、もし1人が何かの都合でキャンセルすることになった時に1人分だけのキャンセルはできない可能性は高いです。つまり、キャンセルするなら3人分をキャンセルするか、行かない友達の分も支払うかです。
なので、まず最初に友達同士で相談して、キャンセルすることになっても支払った航空券代返金はなしにするのか、1人でも欠けるなら全員キャンセルするのかなどしっかり話し合っておいてください。
私は友達と行った時は別々に、でも同時に座席の空き具合を公式サイトで確認しながら隣同士の席でそれぞれ予約しました。これができるのは公式サイトならではですし、こうしておけば支払いも（キャンセルすることになればキャンセルも）各自本人の責任と負担で行えるので。
