この画像のような片面は平ら、片面はリング部に折り返しがあるガスケットを、エンジンとマフラー間で取り付ける時、平らな方がエンジン側でいいんでしょうか？

適正なトルクで締め付けるのであれば、どちらの面でも問題無いです。

ただし・・・普通であればサービスマニュアルや取説に書いてあると思うので、まずはそちらを確認した方が良いかと思います。