インフラエンジニア志望なんですけど自分の興味のある経営工学部とインフラに多くの関わりがある情報通信系の学部どちらに進学すればよいですか？

インフラ技術そのものをやる（例：光ファイバーを使った通信方式の研究）のではなく、応用（例：既存製品やサービスで、〇〇社のインフラを構築する）の仕事であれば、経営工学部からでも問題ないです。