いろいろな考え方があると思いますが、私はこのes は文法的主語(中身はない)だと思います。で、文全体はいわゆる強調構文。
Es ist Hideyoshi, der die Burg Osaka errichtete.
大阪城を建てたのは秀吉だ。
この場合、関係代名詞der の先行詞はes なのですが、強調構文の場合は関係代名詞を主格補語の性数に一致させるので、Hideyoshi に一致させた関係代名詞を使っているのです。
この主格補語が、ご提示の文ではWerになっている、ということだと思います。