できない単語にチェックする方がいいです。
理由は単純で、できない単語に集中するためです。できた単語にチェックを入れると、勉強を進めるにつれてチェック済みの単語が増えていき、結果的に「できた単語も繰り返し見ている」状態になります。これは時間の無駄です。
できない単語だけにチェックを入れておけば、次の周回からはそこだけを集中的に復習できます。特に単語学習は「反復」が重要なので、できない単語だけを何度も見直す方が、はるかに効率的です。
また、心理的な面でも、できない単語にチェックを入れる方が「この単語を覚えるぞ」という意識が強くなります。できた単語にチェックを入れる方式だと、やってる感は出ますが、実際の定着にはつながりにくいですよ。
