>3,000円くらい減ってしまった分はどこへいくのでしょうか?
どこへもいきません。というか株価がそれだけ下がらなければ減りません。
かぶピタッでの金額指定売却は、ストップ安になった場合の価格までしか金額指定できないようになっています。9時から16時までの間の注文だと2日間ストップ安になった場合の価格までです。その金額までしか指定できないだけであって、全部売ってもその金額にしかならないということではありません。
https://www.rakuten-sec.co.jp/web/domestic/fractional/rule/attention/?msockid=1e48c7c08dd364a22caed1ec8c4565e7
>13,000円くらいになったから売ろうとしても3,000円引かれてプラマイゼロですか…?
いいえ。違います。
全売却にして、大きな株価変動がなければ、およそ時価評価額に近い金額での売却になります。