実は前にも同じような質問を頂いたことがあります。
結論から申しますと、レベルは上げた方がいいです。
以下理由です。
まず、スキルを解放しないとその分解放済みのスキルが出やすいと思われがちですが、その確率の変動は誤差です。
それと、レベルを上げれば本体の火力は増しますからHP3%追加ダメージのスキルを取れなかった時の弱さが多少マシになります。
極め付けに、5段目のスキル「究極の雨雲」が実は強いです。HP3%ダメージに火力は劣りますが、それでもかなりの削りをしてくれます。
これがあればどちらかが取れたら最低限衛星嵐は活躍できるので、役立たずにならずに済む確率が倍になります。
また、このスキルはHP3%ダメージの弱みである「敵が削れるほど火力が下がる」という点を補完してくれるので尚更強いです。
なお、覚えておいて頂きたいのですが、「究極の雨雲」は前提条件付きのスキルです。
先に3段目のスキル(スキル名は「ダメージ増加」)を取っていないと出現しません。
このゲームには他にも前提条件付きのスキルがいくつかあるのですが、聞かれていないことなので書きません。もしこの情報をお求めでしたら返信で仰って頂ければお教えいたします。