官能基の並べ方に厳密な決まりはなく、構造が誤解なく伝わる書き方なら基本的に正解になります。
ただし高校化学の示性式は「炭素骨格を左から右へつなげて、代表的な官能基を分かりやすく書く」流儀が多いです。たとえばカルボン酸エステルなら「RCOOR’」の形が見えるように書き、酢酸エチルは CH3COOC2H5(または C2H5OCOCH3)と書けます。
あなたの C2H5OCOCH3 が間違いになりやすい理由は、「エーテル結合」と見なしてしまうと結合の中心が O だと誤解されやすく、エステル特有の COO(カルボニルを含む結合)であることが見えにくいからです。先生や解答が CH3COOC2H5 を指定している場合、酢酸部分(CH3CO)とエチル部分(C2H5)がはっきり分かる書き方を求めている、という意味になります。