質問内容がよくわからないのですが、東京都区内/東京(都区内)/上野(都区内)発となっている新幹線の切符を持っていて柏から乗るのなら、東京都区内発の乗車券は金町から有効になるから柏〜金町までの乗車券を買えばよいです。東京の新幹線改札で新幹線の切符と一緒に重ねて入れてください。
柏からSuica/PASMOで入って東京で新幹線改札に入る時に新幹線の切符を入れてすぐSuica/PASMOをタッチしてもよいです。チャージから柏から金町までの運賃が引かれます。※帰りはまだこの先も有効な東京都区内までの切符が戻ってくるので、Suica/PASMOはタッチせずに戻った切符を取って柏で乗越精算して降ります。