このような状況では、まずあなたの意図を知り合いに伝えるのが一番です。あなたが3600円を交付したのは、代行費として感謝の意を込めて細かく渡したかったという意図があると言います。そして、誤って千円札4枚を渡してしまったという誤解も伝えます。
例えば、次のようなメールやメッセージを送ることができます:
「○○さん、
代行してもらったこと本当にありがとう。代行費として3600円を細かく渡したかったんですが、誤って千円札4枚を渡してしまいました。お返しの手数をおかけしますが、3600円としてお返しいただけますか?
本当に申し訳ありませんので、よろしくお願いいたします。
△△△△」
または、直接会話する場合は、
「○○さん、前回代行してもらったこと本当にありがとう。代行費として3600円を細かく渡したかったんですが、誤って千円札4枚を渡してしまいました。お返しの手数をおかけしますが、3600円としてお返しいただけますか?」
のように伝えることが良いでしょう。もし知り合いが不満を示す場合は、再度謝罪の意を伝えつつ、お返しを依頼します。多くの人は理解してくれるでしょう。