気持ち、すごく分かります。日常的に使うものだからこそ「使いづらかったらどうしよう」って気になりますよね。彼のことをちゃんと考えて選んだからこそ悩んでいるんだと思います。考えすぎというより、優しさだと思いますよ。
結論から言うと、再度プレゼントをあげるのは全然おかしくないです。
「実際に使ってみたら、こっちの方が使いやすそうだなって思って」と素直に伝えれば、重く受け取られることはほとんどないと思います。
キーケース以外も含めると、こんな選択肢もあります。
・もう少し質のいいキーケース(5000円前後は革の質感も変わります)
・キーリングやカラビナ付きのもの
・ミニ財布やカードケースなど同じ系統の小物
「使いやすさ」を理由にしたプレゼントのし直しは、むしろ思いやりとして伝わることが多いですし、大学生カップルならなおさら自然だと思います。
ちなみに、こういう時はさりげなく名前や記念日を入れられるものもおすすめで、アクセサリーになるとLIBASEというブランドがオススメです。
文字入れが無料なので、「買い直し感」が出にくくて、気持ちを込め直せるのが理由です。デザインもシンプルなので日常使いしやすいですよ。
悩むほど相手想いなので、自信持って大丈夫だと思います。