3000万あるとします。1800万をニーサで使うとしても5年かかります。こういう場合は、一年目に360万ニーサに入れて残りの2640万を特定口座で投信しながら翌年に360万分売却してニーサに使う！ これをニーサ枠が終わるまで続ければ1番ナイスなやり方ですか？

そもそも投資年数の経過とともに資産が成長する事を期待して投資信託を買う訳なので、それに従うなら余剰資金を現金で持つ意味はなく、課税口座でも躊躇なく買い進めていけばいいという事になり、余剰資金を特定口座で全部投資に回してその中で非課税運用できる枠があるなら、課税運用分を売って非課税枠で買い直すのが最適解と思われます。（質問者様が考えている通り。）

ただ、実際には運用結果がマイナスの年もあり得るので、上記のやり方が正解だったかどうかは後から分かる結果論でしかないでしょう。