宮崎は陸の孤島なので、飛行機一択です。
新幹線ができたので鹿児島中央まではあっという間ですが、そこからの特急きりしまがさらに2時間以上かかります。
ただ、実は鹿児島中央まで行くよりも、新八代で新幹線を降りて、高速バスに乗った方が早いです。でも、高速バスは選択肢ではないのですよね。
ということで、飛行機一択です。チェックインしてから搭乗までの待ち時間は確かにありますが、飛行機は乗ってしまえばとにかく早いので、陸路と比べても総時間は同じか、うまく行けば飛行機の方が若干早いぐらいかと思います。(飛行機出発時間の1時間前ぐらいに福岡空港到着で試算。)
博多駅から福岡空港、宮崎空港から宮崎駅も、距離が短いのも強みですね。