ゲームカセットそのものは書き換えず、本体側の保存領域に「追加・修正データ」を別で保存し、起動時にそちらを優先して読むことでアップデートしています。
仕組みをざっくり言うと、こんな感じです。
・ゲームカセットの中には「元のデータ」が入ったままです。ここは基本的にあとから書き換えられません。
・インターネットからアップデートをダウンロードすると、その内容はゲーム機本体(スイッチ本体やPS本体のストレージ)に保存されます。
・ゲームを起動するときに、本体が「元のカセットのデータ」と「本体に保存した更新データ」を両方見て、「同じ部分があれば新しいほうを使う」「新しく追加された部分は本体側から読む」という形で合体させて動かします。
イメージとしては、元のゲームカセットは「初版の本」、アップデートは本体に保存される「訂正表や追加ページ」で、読むときだけ差し替えている、という感じです。カセット自体を上書きしているわけではないので、手元のカセットはずっと同じままでもアップデートが反映されます。