機械系の勉強をしている者です。長文になりますが今回の症状は、バッテリーの経年劣化に加えて、バッテリー残量を管理している制御機能が一時的に誤作動したことによって起きた可能性が高いと考えられます。
お使いの富士通 FMVA53D3R は 2020年1月から使用されており、バッテリーはすでに5年以上経過しています。ノートパソコンに使われているリチウムイオン電池は、一般的に2〜3年、充放電回数で言えば300〜500回程度が寿命の目安とされており、この使用年数でバッテリーが弱ってくるのは自然な状態です。これまで起きていた「夜にフル充電で終了したのに、翌日にはバッテリー残量がほぼ0%になっている」という現象は、劣化したバッテリーが電気を保持できず、電源を切っている間に電圧が急激に低下してしまうことでよく見られる症状です。
一方で、今回のように電源コードを挿しても充電ランプが点灯せず、起動すると突然「バッテリー残量99%」と表示され、その後コンセントを抜いてもバッテリーがほとんど減らないという挙動は、バッテリー残量を管理している制御回路やソフトウェアが実際の電池状態を正しく認識できなくなったために起きたと考えられます。劣化が進んだバッテリーでは、電圧の変化が不安定になり、残量計が「満充電」「空」に近い状態を誤って表示することがあり、その結果、充電ランプが点灯しない、残量が急に増減するといった不可解な動作が発生します。
現時点で一時的に正常に見えていても、これはバッテリーが回復したわけではなく、あくまで制御側の認識がたまたま合っている状態にすぎません。今後も同様の症状が再発する可能性は高く、突然電源が落ちるリスクもあります。対策としては、重要な作業は必ず電源コードを接続して行うこと、可能であれば富士通純正または対応するバッテリー交換を検討すること、当面交換しない場合でも定期的にバックアップを取ることをおすすめします。
要するに、今回起きたことは「謎の回復」ではなく、寿命が近づいたバッテリーによく見られる不安定な挙動だと考えてよいでしょう。