歴史的に女性が弱者であったことをみんなが認めてるからです。
似たようなものに、アメリカの大学入試の人種枠ですね。黒人は点数が低くても合格できるのです。
インディアンというルーツがある人は、部族単位で優遇されます。税金とか商売とかですね。
弱者を優遇する事は、あまり問題視されないのです。むしろ、それが当然の権利だと考える人もいます。
先祖が不利だったんだから、現代では優遇しろみたいな発想です。
問題視されるのは、強者が差別することです。社会秩序を保つには、格差が広がりすぎたり、理不尽だと思われる事が多かったりするのを防ぐ事です。そうしなければ、革命が起きてしまい、結局強者が困る事になります。