参考書とか問題集選びが難しいです。
自分の学力レベルにあった問題集や参考書から始めて志望大学に合わせてレベルアップしていかなくてはならないので。
あと、大学のレベル帯や共通テストなどで対策が違ってくるので、自分の学力を理解して志望校の傾向に沿って正しく勉強しないと難易度が高ければ高いほど難しいと思います。
あと、やはり俗に言う地頭が悪いと厳しいと思います。
中学で塾にいかなくてもできる子は教科書とか市販の参考書や問題集の解説を読んで理解しますから。もし中学の時点で人に聞いて説明されないと理解できないのなら、独学で参考書や問題集の解説を読んで難易度の高い大学の受験に挑むのは厳しいかなと。
指定校推薦ならその学校のトップレベルだと思うから、高校受験時にトップ層で入学できないと厳しいでしょうね。それにうちの高校(偏差値60台)の場合そのレベルの大学の指定校推薦だと平均評定がかなり高くなるから、体育とかの副教科が苦手だと厳しいと思います。