D1セルを選択、条件付き書式のルールの管理を開くと
適用先が
=$D:$D
となっています。
A1セルに「あ」をいれてコピー
D10セルに貼り付けて条件付き書式のルールの管理を開くとD10セルには条件付き書式が設定されていないセルがコピペされるので条件付き書式が何も設定されていないセルとして表示されます。
そこでD1セルを選択して条件付き書式のルールの管理を開きます。
適用先は
=$D$1:$D$9,$D$11:$D$1048576
とD10セルを境に分断されているのが分かると思います。
つまりA1セルをコピぺしたのが敗因だとわかります。条件付き書式が設定されていません、という情報も貼り付けた、ということですね。
A1セルをコピー
D10セルを選択
形式を選択して貼りつけ、値のみを貼り付ける、
このような操作でいいと思います。